L’origine artificiale del Bosco delle Querce e il suo isolamento dal resto del territorio hanno reso l’intera area difficilmente raggiungibile da animali che non abbiano una mobilità particolare come gli uccelli. In particolare la presenza di infrastrutture a sviluppo lineare così impattanti come la superstrada Milano-Meda interrompe la continuità ambientale ed ostacola fortemente la mobilità della fauna selvatica.
Dopo i lavori di bonifica gli unici animali facilmente visibili all’interno dell’area del Bosco delle Querce erano i conigli selvatici.
Nonostante il Bosco delle Querce sia completamente circondato da infrastrutture e insediamenti, il primo censimento faunistico del 1990 ha mostrato una significativa presenza di avifauna (18 specie), di 5 specie terrestri e 4 specie di anfibi e rettili. Gli uccelli, in quanto volatili, ovviamente sono facilitati nel colonizzare aree verdi isolate, grazie alla loro facilità di movimento, mentre le specie terrestri sono migrate all’interno del bosco soprattutto attraverso lo stretto corridoio ecologico rappresentato dall’alveo del torrente Certesa, anche se fortemente inquinato dalla industrializzazione a monte. I pesci erano presenti solo nel laghetto vicino alla sede del parco.
Nel tempo si sono attuati, oltre al rimboschimento generalizzato, specifici accorgimenti per favorire lo sviluppo faunistico. Gli interventi sono consistiti in sfalci ritardati per non danneggiare la nidificazione primaverile, creazione di aree umide e laghetti, inserimento di cespugli a bacche, inserimento di anatre selvatiche, di starne e di fagiani.
È stata anche predisposta una recinzione dell’intera area naturalistica e sono state realizzate ulteriori recinzioni per protegge la fauna presente dai cani randagi.
Nel corso degli anni sono state condotte alcune ricerche specifiche sullo sviluppo faunistico all’interno del Bosco delle Querce. In particolare la Lega Italiana per la Protezione degli Uccelli (LIPU) ha curato uno studio sulle comunità di uccelli e una ricerca sulle comunità di rettili e anfibi; una tesi di laurea in Scienze Biologiche presso l´Università Statale di Milano ha studiato il popolamento dei Coleotteri Carabidi del bosco; al Dipartimento di Biologia Animale dell’Università di Pavia è stato affidato uno studio sui sistemi riproduttivi della fauna.